El Fondo de la Emperatriz Shôken fue creado en 1912 cuando S.M. la Emperatriz Shôken hizo un donativo de 100.000 yenes oro japoneses a la Cruz Roja para impulsar la labor de las Sociedades Nacionales en tiempos de paz. En 1934, el Fondo se incrementó a 200.000 yenes gracias a un nuevo donativo hecho por S.M. la Emperatriz y S.M. la Emperatriz madre de Japón. El valor del capital del Fondo es actualmente de 10,5 millones de francos suizos. La finalidad del Fondo es apoyar los proyectos de las Sociedades Nacionales en los ámbitos de la preparación para desastres, la salud, la juventud, los servicios de sangre, el bienestar social y la difusión de los ideales humanitarios de la Cruz Roja y de la Media Luna Roja.

Administra el Fondo la Comisión Paritaria, que decide la asignación anual de los subsidios y controla su gestión financiera. La Comisión ha continuado reuniéndose anualmente bajo la presidencia de la Sra. Liselotte Kraus-Gurny (CICR). La Sra. Christine South (Federación) fue designada en julio de 2003 como nueva secretaria, después de que el Sr. Alistair Henley asumiera su nuevo cargo como jefe de la delegación regional en Beijing, (el Sr. Henley ocupó la secretaría desde comienzos de 1998 hasta junio de 2003). Los otros miembros de la Comisión son los Sres. Ibrahim Osman y Jean-Claude Crêpy (Federación), y las Sras. Viviane Cagneux y Jacqueline Hugentobler (CICR).

El 11 de abril de cada año, aniversario de la muerte de S.M. la Emperatriz Shôken, la Comisión Paritaria notifica la asignación de los subsidios a las Sociedades Nacionales cuyos proyectos son seleccionados entre los que se presentan antes del 31 de diciembre del año precedente. En el período de 2000-2003, se concedieron subsidios a 47 Sociedades Nacionales (para más detalles véase la sección siguiente del informe). La mayoría de los proyectos correspondieron a los ámbitos de la preparación para desastres, los primeros auxilios, el bienestar social y la juventud. Se proporcionaron fondos para actividades de formación, equipamiento y vehículos en relación con estos ámbitos. La Comisión vela por una acertada distribución regional en la selección de los proyectos y por una asignación equilibrada entre las necesidades de desarrollo de los recursos humanos, equipamiento y vehículos.