El CICR se encuentra presente en Guinea-Bissau desde 1998. En esa época, la Institución se concentraba en responder a las necesidades de las víctimas de la guerra civil que tenía lugar en el país, en particular mediante la ayuda a la población civil, las visitas a las personas privadas de libertad y el restablecimiento del contacto entre familiares separados por el conflicto.

Actualmente, el CICR sigue realizando actividades en favor de las personas detenidas y promoviendo el derecho internacional humanitario ante las autoridades políticas y las fuerzas armadas de Guinea-Bissau.

En el norte del país, el CICR presta asistencia a las poblaciones residentes y a los refugiados procedentes de Casamance, región de Senegal afectada por la violencia armada. Mediante esa asistencia, el CICR facilita el acceso al agua potable y a sistemas de saneamiento adecuados, y apoya la reanudación de ciertas actividades económicas locales.

El CICR colabora con la Cruz Roja de Guinea-Bissau a fin de reforzar sus capacidades en materia de respuesta a emergencias, restablecimiento del contacto entre familiares y formación de socorristas.