كما ينظم القانون الدولي الإنساني عمليات مكافحة الإرهاب إذا اتخذت شكل النزاع المسلح, وذلك فيما يتعلق بقواعد ممارسة الأعمال العدائية, والحماية الواجب توفيرها للموقوفين.

ولا يشكل تطبيق القانون الدولي الإنساني عائقاً بالنسبة لمكافحة الإرهاب بل يمكن محاكمة الإرهابيين المشتبه بهم بتهمة ارتكاب أعمال إرهابية. كما تحمي اتفاقيات جنيف أفراد القوات المسلحة أو "المقاتلين غير الشرعيين" المشتبه بارتكابهم أعمالاً إرهابية وتمنحهم حق الحصول على الضمانات القضائية عند تقديمهم للمحاكمة.