Depuis l'indépendance du Mali en 1960, des affrontements parfois violents ont lieu de manière épisodique dans le Nord du pays entre les forces armés régulières et des rebelles touarègues. Après les derniers accrochages de 2007 et de 2008, le CICR a :

• en étroite collaboration avec la Croix-Rouge malienne, assisté près de 600 familles déplacées et 300 migrants en situation précaire dans les alentours de Tinzaouatène, à la frontière algérienne ;
• en tant qu'intermédiaire neutre, évacué des militaires des Forces armées maliennes grièvement blessés ;
• visité des militaires et des gendarmes capturés par la rébellion touarègue.

Suite au regain de tension au Mali et au Niger, le CICR a mis en place une mission Sahel rattachée à la délégation de Dakar au Sénégal. Trois expatriés et une vingtaine de collaborateurs nationaux développent les activités traditionnelles de protection et d'assistance du CICR dans ces deux pays. Ils sont répartis dans quatre bureaux – deux au Malim, à Bamako et à Gao, deux autres au Niger, à Niamey et à Agadez.

Le CICR maintient une présence permanente au Mali depuis le coup d'État du 26 mars 1991.