Le CICR est présent en Guinée-Bissau depuis 1998. L'institution s'efforçait alors de répondre aux besoins des victimes de la guerre civile en cours dans le pays, en particulier grâce à l'assistance aux populations civiles, à des visites aux personnes privées de liberté et au rétablissement des liens entre personnes séparées par le conflit.

Aujourd'hui, le CICR poursuit ses activités en faveur des détenus et pour la promotion du droit international humanitaire auprès des autorités politiques et forces armées de Guinée-Bissau.

Dans le nord du pays, le CICR fournit une assistance aux populations résidentes et aux réfugiés en provenance de Casamance, région du Sénégal en proie à la violence armée. Cette assistance vise à améliorer l'accès à l'eau potable et à des systèmes d'assainissement adéquats, ainsi qu'à soutenir la relance de certaines activités économiques locales.

Le CICR est engagé aux côtés de la Croix-Rouge de Guinée-Bissau afin de renforcer ses capacités dans les domaines de la préparation et de la réponse aux urgences, du rétablissement des liens familiaux et de la formation des secouristes.