O CICV está presente em Guiné-Bissau desde 1998. Nessa época, a organização se concentrava em responder às necessidades das vítimas da guerra civil que acontecia no país, em particular ajudando a população civil, com as visitas às pessoas privadas de liberdade e o restabelecimento de contato entre familiares separados pelo conflito.

Atualmente, o CICV continua realizando atividades em favor das pessoas detidas e promovendo o direito internacional humanitário entre as autoridades políticas e as forças armadas de Guiné-Bissau.

No norte do país, o CICV presta assistência às populações residentes e aos refugiados procedentes de Casamance, região do Senegal afetada pela violência armada. Com essa assistência, o CICV facilita o acesso a água potável e sistemas de saneamento adequados e apoia a retomada de certas atividades econômicas locais.

O CICV colabora com a Cruz Vermelha de Guiné-Bissau a fim de reforçar suas capacidades de resposta a emergências, restabelecimento de contato entre familiares e formação de socorristas.