O CICV está presente no Timor Leste há vários anos e continua trabalhando com todas as partes responsáveis a fim de estabelecer uma comissão independente capaz de satisfazer as necessidades das famílias de pessoas desaparecidas entre 1975 e 1999. Recentemente, os violentos conflitos que surgiram entre a polícia e o exército, em abril de 2006, fizeram com que dezenas de milhares de pessoas deixassem suas casas para morar em campos temporários ou com parentes. O CICV e a Sociedade da Cruz Vermelha no Timor Leste (SCVTL) estão dando assistência de emergência, como: abastecimento de água, melhoria no saneamento, distribuição de itens essenciais como tendas impermeáveis, redes de mosquito, baldes, cobertores, colchões e ajuda para reencontrar os familiares, como também visita aos prisioneiros. No início da crise, o SCVTL recolheu cadáveres e ajudou no transporte dos feridos aos hospitais.