МККК работает в Уганде с 1979 года. На севере Уганды организация оказывает помощь почти 500 тысячам человек, содействуя их возвращению в места привычного проживания. В частности, МККК старается повысить уровень экономической состоятельности наиболее уязвимых категорий граждан и поддерживает усилия руководителей медицинских учреждений, а также водопроводных служб по восстановлению нормального режима их работы. МККК тесно сотрудничает с другими гуманитарными организациями с целью предотвращения дублирования предоставляемых услуг.

По всей стране, включая район Карамоджа на северо-востоке Уганды, МККК ведет диалог с уполномоченными властями о необходимости обеспечить защиту мирных граждан и лиц, лишенных свободы. МККК продолжает содействовать расширению возможностей Национального общества Красного Креста Уганды по осуществлению проектов в области восстановления семейных связей между жителями Уганды и соседних стран, которые потеряли контакты друг с другом в результате вооруженного конфликта. Помимо этого, МККК занимается распространением знаний о международном гуманитарном праве среди представителей сил полиции и вооруженных сил, а также среди студентов университетов.

Персонал (2009): 260 сотрудников, в числе которых 27 иностранцев.