El CICR ha estado activo en Uganda desde 1979. En respuesta a las crecientes necesidades, reanudó sus actividades en el terreno en 2004, luego de una suspensión de tres años a raíz de que seis colaboradores del CICR fueron asesinados en el distrito de Ituri en el nordeste de la República Democrática del Congo. El CICR está presente actualmente en los distritos de Gulu, Pader y Kitgum en el norte de Uganda, donde el conflicto armado ha causado el desplazamiento interno de más de un millón y medio de personas. La Institución está activa en 64 campamentos para personas desplazadas, donde realiza actividades en favor de unas 800.000 personas desplazadas.

Las actividades incluyen entrenamiento del personal médico y de salud en hospitales y centros de salud, suministro de medicamentos, equipamiento médico y quirúrgico, mantenimiento y rehabilitación de infraestructura básica para el suministro de agua y saneamiento, y distribución de artículos no alimentarios esenciales, semillas y herramientas agrícolas.

El CICR también visita a los detenidos que le corresponde visitar conforme a su cometido y se esfuerza por difundir los principios básicos del derecho internacional humanitario en las fuerzas armadas y de policía.

El CICR realiza sus actividades en Uganda en estrecha cooperación con la Cruz Roja de Uganda.

Personal (2009): 260 colaboradores, incluidos 27 expatriados.