Avant l'adoption du présent Protocole, l'article 3 commun aux quatre Conventions de Genève de 1949 était la seule disposition applicable dans les conflits armés non-internationaux. Bien que très important, cet article succinct était inadéquat: environ 80% des victimes de tous les conflits armés qui avaient eu lieu depuis 1945 étaient des victimes de conflits non-internationaux, conflits qui s'étaient souvent montrés plus meurtriers et cruels que les conflits internationaux. L'objectif des nouvelles dispositions était de faire appliquer les règles principales du droit des conflits armés dans les guerres internes. Mais ces efforts se sont heurtés à un certain nombre d'obstacles: la crainte que le Protocole puisse affecter la souveraineté des Etats, empêcher les gouvernements d'assurer le respect du droit et le maintien de l'ordre à l'intérieur de leurs frontières, ou qu'il puisse être invoqué pour justifier une intervention étrangère sur leur territoire. C'est pour ces raisons que la Conférence diplomatique, lors de sa quatrième session, a réduit et simplifié le projet initial. Sur les 47 articles proposés par le CICR, seuls 28 furent adoptés par la Conférence. Mais l'essentiel du projet fut pourtant maintenu. Le titre IV du projet du CICR, concernant les méthodes et moyens de combat a été abandonné, mais ses principes essentiels furent inclus dans l'article 4 (Garanties fondamentales). Les dispositions concernant l'activité des organismes humanitaires impartiaux furent adoptées sous une forme moins contraignante qu'originellement prévu. La définition restrictive du champ d'application matériel (article 1) a pour conséquence que le présent Protocole II couvre moins de conflits internes que l'article 3 commun aux quatre Conventions de 1949.
