يواجه مبدأ المساواة بين الأطراف المتحاربة المنصوص عليه في القانون الدولي الإنساني تحدياً خاصاً في إطار النزاعات المسلحة غير الدولية يكمن في أهلية جماعات المعارضة المسلحة لإصدار أحكام على الأفراد لاقترافهم أًفعالاً لها علاقة بالعمليات العدائية. وتلتبس الأمور اليوم جراء التداخل بين تطبيق القانون الدولي لحقوق الإنسان والقانون الجنائي. فيمكن أن تستوعب أحكام القانون الدولي الإنساني الخاصة بالمحاكمة العادلة ما يقابلها من أحكام في حقوق الإنسان, سواء باعتبارها من قانون حقوق الإنسان أو لأنها مماثلة له, علماً أن قانون حقوق الإنسان لا يأخذ في الحسبان العلاقات غير العادية بين الدول والأطراف من غير الدول. ويفضل عادة اعتماد الحل الأخير, الأمر الذي قد يؤدي إلى التركيز على موضوع العدالة الفعلية لمحاكم المتمردين بدلاً من التركيز على أساسها القانوني. وبالإضافة إلى ذلك, يمكن أن تتوافق هذه الرؤية مع مبدأ المساواة بين الأطراف المتحاربة, وهو شرط حاسم لتشجيع امتثال جماعات المعارضة المسلحة للقانون الدولي الإنساني.