Durant la guerre de 1939-1945, seules les républiques latino-américaines et cinq pays neutres européens (l'Espagne, le Portugal, la Suède, la Suisse et la Turquie) sont épargnés. Pour la première fois, l'aviation permet de bombarder le territoire de l'ennemi sur des centaines de kilomètres carrés; pour la première fois aussi le nombre de victimes civiles est supérieur à celui des soldats. Dès 1939, le régime hitlérien donne au conflit le caractère d'une guerre raciale, mettant en place un régime dont le but est l'asservissement des peuples slaves et l'anéantissement des Juifs et des Tziganes.

Dans ce contexte, le droit international humanitaire règle le traitement des prisonniers de guerre (Convention de Genève du 27 juillet 1929), mais pas celui des populations civiles.

De ce fait, le CICR pourra développer une action de protection et d'assistance en faveur des prisonniers de guerre, alors que son action en faveur de certaines catégories de civils, en particulier des civils détenus dans les camps de concentration sera très limitée, voire inexistante (voir Le CICR face à l'holocauste).