O CICV está ativo na Uganda desde 1979. Em resposta às necessidades crescentes, reiniciou suas atividades de campo em 2004, seguido de uma suspensão de três anos depois que seis de seus funcionários foram assassinados no distrito de Ituri no nordeste da Republica Democrática do Congo. O CICV está presente atualmente nos distritos Gulu, Pader e Kitgum no norte da Uganda, onde os conflitos armados causaram deslocamentos internos de quase 1.7 milhões de pessoas. A organização está ativa em 64 acampamentos para os deslocados, executando atividades em favor de quase 800.000 pessoas deslocadas.

As operações incluem o treinamento de pessoal médico e de saúde em hospitais e centros de saúde, a provisão de remédios, equipamento cirúrgico e médico, a manutenção e reabilitação da infra-estrutura básica de fornecimento de água e saneamento, a distribuição de itens não-comestíveis básicos, sementes de vegetais e ferramentas para a agricultura.

O CICV também visita os prisioneiros e luta para aumentar a consciência acerca do DIH e dos princípios humanitários entre as forças armadas e policiais.

O CICV executa atividades na Uganda juntamente com a Sociedade da Cruz Vermelha da Uganda.

Presença (2009): 260 funcionários, incluindo 27 estrangeiros.