Lors des massacres du Rwanda, dès avril 1994, le CICR, tente de venir en aide autant que possible aux populations menacées par les tueries ou déplacées.
Lors du conflit en République Démocratique du Congo, peu de temps après le génocide rwandais, le CICR et les sociétés nationales des pays de la région font leur possible pour réunir avec leurs proches des milliers d'enfants séparés de leurs familles. Ils portent assistance aux dizaines de milliers de personnes déplacées en distribuant de la nourriture, des biens de première nécessité et des semences et en leur donnant accès à l'eau potable et aux soins médicaux.
Le CICR intervient également dans les prisons rwandaises où sont détenues plus de 120 000 personnes accusées d'avoir participé au génocide ou d'avoir attenté à la sécurité de l'État.